生物显微镜，包括正置式和倒置式，通过光学放大来观察生物切片、生物细胞、细菌以及活体组织培养、流质沉淀等的观察和研究，同时可以观察其他透明或者半透明物体以及粉末、细小颗粒等物体。生物显微镜可以与数码相机、数字摄像头或模拟摄像头搭配，并结合计算机及图像处理软件组成图像处理系统，在细胞学、寄生虫学、肿瘤学、免疫学、遗传工程学、工业微生物学、植物学等领域中应用广泛。